Lisaks suureneb järjestuse efektiivsus rakuga, mitte rakuga, alguses. Järjestuse sügavuse määramine. Laihambeline kamm duši all riputamiseks: odav, praktiline ja täiuslik, et seda vajadusel alati käepärast hoida, sellel kammil on konksukujuline ots, tänu millele saab selle mugavalt dušši riputada. Nendes protokollides eraldatakse üksikud rakud scATAC-seq jaoks kas programmeeritava mikrofluidika platvormi Fluidigm või tuumade kombineeriva indekseerimise abil.
Transkriptomika Abstraktne Suurenenud kromatiini kättesaadavus on rakutüüpi spetsiifiliste cis- regulatoorsete elementide tunnusjoon; seetõttu võimaldab DNaasi I ülitundlike saitide DHS kaardistamine tuvastada transkriptsiooni aktiivseid regulatoorseid elemente, kaasa arvatud promootorid, võimendid, isolaatorid ja lookus-kontroll piirkonnad.
See meetod võimaldab ülitundlike saitide genoomilist kaardistamist paljudes rakupopulatsioonides, mida ei saa analüüsida tavapärase DNaasi I sekveneerimise abil, kuna on vaja Surmina Step Gel lähterakke. ScDNase-seq analüüsideks sobivad värsked rakud, formaldehüüdi-ristseotud rakud või formaliinist fikseeritud parafiiniga varustatud FFPE koeslaidid.
ScDNase-seq-raamatukogude genereerimiseks lüüsitakse rakud ja seejärel digereeritakse DNaasiga. Raamatukogud luuakse Illumina platvormil suure läbilaskevõimega järjestamiseks standardmeetodite abil.
- Sorme liigeste arendamine parast kahju
- Osteokondroosi tablettide tooriistad
- Ты уже начал.
- Особенно детям.
ScDNase-seq raamatukogude ettevalmistamine nõuab ainult 2 d. Käesolevas protokollis kirjeldatud materjalide ja molekulaarbioloogia meetodid peaksid olema ligipääsetavad kõigile üldistele molekulaarbioloogia laboritele.
Suure läbilaskevõimega järjestusandmete töötlemine nõuab põhilisi bioinformaatika oskusi ja kasutab avalikult kättesaadavat bioinformaatika tarkvara.
EUR-Lex Juurdepääs Euroopa Liidu õigusaktidele
Sissejuhatus Genoomi koordinaat-raku-tüüpi spetsiifilise geeniekspressiooni regulatiivsed DNA piirkonnad Surmina Step Gel. Nendes piirkondades võib nukleosoome dünaamiliselt eemaldada või lisada, et kontrollida kromatiini siduvate valkude ligipääsu DNA-le transkriptsiooni ja teiste tuumaprotsesside ajal. Suurenenud kromatiini kättesaadavusega genoomilised piirkonnad on markerid mitmesuguste regulatiivsete tunnuste jaoks, kaasa arvatud võimendajad, summutid, promootorid, lookus-kontroll piirkonnad ja isolaatorid.
Autori info Viited X on "wiki"; see tähendab, et paljud meie artiklid on mitme autori koostöö tulemus. Selle artikli loomiseks tegi 11 inimest, mõned neist anonüümselt, koostööd, tehes aja jooksul selle täiustamiseks muudatusi. Selles artiklis on viidatud viitele, mille leiate lehe allosast.
Seega annab kromatiini kättesaadavuse mõõtmise vahend regulatiivsete DNA elementide tuvastamiseks. DNaasi sekveneerimine DNaas-seq ja ülekandega ligipääsetava kromatiini määramine suure läbilaskevõimega sekveneerimisega ATAC-seq on kõige levinumad meetodid DNA juurdepääsetavuse tuvastamiseks genoomiga hõlmatud skaalal 2, 3, 4, 5.
Selles Surmina Step Gel kirjeldame üheelemendilist sekveneerimist scDNase-seq - modifitseeritud DNase-seq protokolli üheelemendilise või piiratud rakuga sisenditele 6. Üheelemendilisel tasemel võib scDNase-seq korrata tuvastatavaid samu DHS-e lahtiselt elanikkonnast, võimaldades samal ajal uurida rakkude ja rakkude vahelisi erinevusi populatsioonis.
Tavapäraste DNaasi-seq-de piiramine rakkude hulgal on see, et ta ei suuda tuvastada rakkude ja rakkude variatsioone DHS-ides. DHSide erinevused üksikute rakkude vahel näiliselt "homogeenses" rakupopulatsioonis võivad olla bioloogiliselt olulised 7.
ScDNase-seq pakub meetodit rakkude ja rakkude vahelise varieeruvuse tuvastamiseks DHS-des rakkude hulgapopulatsioonis. ScDNase-seq arendamine ja ülevaade Algne DNase-seq meetod nõuab miljoneid rakke ja seetõttu on selle rakendamine piiratud rakuliinidega või rohkete primaarsete rakutüüpidega 3.
Abstraktne
ScDNase-seq meetod kohandab DNase-seqi kasutamiseks üksikute rakkude või piiratud rakkudega, kaasates bakteriaalse ringikujulise kandja DNA-d, et minimeerida proovi DNA kadu töötlemise ajal. Täiendavad muudatused tavapäraste DNaasi seq-de hulka hõlmavad tuumade isoleerimise, DNase-I digereerimisetappide optimeerimist piiratud rakkude arvu korral ja DNA fragmentide fraktsioneerimise puudumist agaroosgeeliga, et minimeerida DNA kadu, samuti PCR-i tingimuste optimeerimist kuni eelistatult amplifitseerivad soovitud väikesed DNA fragmendid.
Vastasel juhul on scDNase-seq protseduuri etapid sarnased tavalise DNase-seq-ga. Esiteks, raku- ja tuumamembraanid permeabiliseeritakse nii, et DNaasi I ensüüm võib siseneda tuuma. Genoomsed piirkonnad, mis ei ole seotud histoonide, transkriptsioonifaktorite või muude regulatiivsete valkudega, on DNaasi I ensüümile suhteliselt paremini kättesaadavad.
- Нам трудно представить, что ты сможешь работать в каком-нибудь из этих отделений.
- Ruswelle. Blavo ravi liigeste
Lõhustatud DNA puhastatakse, valmistatakse järgmise põlvkonna sekveneerimisraamatukogud ja väikseimad DNA fragmendid sekveneeritakse suure läbilaskvusega sekveneerimise teel. Samuti on võrreldav andmete töötlemine scDNase-seq-s ja tavapärases DNase-seq-s.
Две недели назад в бакалее никто не заметил, что мы не взяли тележку, а потом посреди ночи нас вдруг разбудила Гарсиа, потребовавшая вернуть ее в "Не следует допускать простейших ошибок, - напомнила себе Элли. - Никаких забытых тележек. никто не должен чего-либо заподозрить до завтрашнего дня".
Lühikesed lugemid, mis on genereeritud suure läbilaskvusega järjestuse abil, on joondatud sobiva genoomi külge ja identifitseeritakse unikaalsed mittetundlikud loendid. Mitme lugemise kogumine konkreetses genoomilises asukohas näitab DHSi piigi olemasolu ja seda saab identifitseerida olemasoleva piigi kutsuva tarkvaraga.
- Osteoartriidi olaliigese ravi kodus
- Kreem artroosi raviks
- Kuidas eemaldada lokkis juuste sõlmed - Vihjeid -
- И тело не может позволить даже крохотного намека.
- В частности, в результате моих разговоров .
- EUR-Lex - R - ET - EUR-Lex
Siiski ei ole maksimaalne kõne, kui alustatakse vähem kui kümnest lahtrist, kuna igas DHSis on piiratud arv lugemisi. Analüüsiprotsessi vajalikke modifikatsioone scDNase-seq protseduuris käsitletakse üksikasjalikumalt eksperimentaalse disaini osas.